刘合霞¹ , 李博^2*

1 广西植物研究所, 桂林, 541006; 2 桂林师范高等专科学校, 桂林, 541001
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 16 篇   
收稿日期: 2018年05月09日    接受日期: 2018年06月19日    发表日期: 2019年05月16日

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牛耳朵和黄花牛耳朵在岩溶环境的适应性上区别显著。为研究它们在岩溶环境中分子适应机制的差异及相关基因，本实验对它们的叶片转录组进行了测序，通过比较转录组分析，筛选两个物种中的直系同源基因，检测正选择基因，寻找可能参与适应岩溶环境的基因。结果表明，牛耳朵与黄花牛耳朵的 N50 值分别为795 和 819，在牛耳朵中测序得到了 157 728 个 unigene，黄花牛耳朵为 156 965 个。为了解两个物种 unigene 的功能信息，将其与公共数据库进行 BLAST 同源比对；用 OrthoMCL 筛选两个物种间的直系同源基因，经过严格的数据筛选后，共得到了 1 898 对直系同源基因，并计算其 Ka、Ks 及 Ka/Ks 值，利用公式 T=K/2r 估算两个物种的分化时间约为 0.86依0.72 百万年前(Mya)。在两个物种中有 152 对直系同源基因受到了强烈的正选择作用，对其进行 GO、KEGG 功能富集分析及基因功能注释，得到了与岩溶环境适应有关的 19 对功能基因。对两个物种的进化分析不仅估算了大概的分化时间，而且还发现了在岩溶环境中差异适应的相关基因。
 

牛耳朵；黄花牛耳朵；比较转录组；岩溶环境的适应性；正选择基因