马宇¹ , 于海峰² , 侯建华^1* , 石煜¹ , 温蕊¹ , 李振¹

1 内蒙古农业大学农学院, 呼和浩特, 010019; 2 内蒙古自治区农牧业科学院, 呼和浩特, 010031
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16 卷, 第 19 篇   
收稿日期: 2018年01月17日    接受日期: 2018年02月06日    发表日期: 2019年01月04日

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为解决向日葵基因组序列庞大及基因位点挖掘的问题，试验共收集了 122 份向日葵资源材料，利用SLAF-seq 技术，以菊科小蓬草基因组作为参考基因组进行酶切预测，水稻日本晴测序数据为对照进行比对，获得多态性标签，并开发大量特异性 SNP。本研究共获得 477.76 M Reads 数据，读长范围在 1 329 754~5 770 666 之间，对照数据的双端比对效率为 92.96%，酶切效率为 95.07%，平均 Q30 为 92.32%，平均 GC 含量为 43.04%，每个样本平均开发 171 684 个 SLAF 标签，样本 SLAF 标签的平均测序深度为 20.07 x，通过生物信息学分析，共获得 1 105 347 个 SLAF 标签，其中多态性 SLAF 标签共有 86 985 个，共鉴定到 414 692 个群体 SNP。这些 SNP 位点可为向日葵特异 SNP 标记的开发、资源鉴定分析以及农艺性状的关联分析等提供理论依据。

向日葵；SLAF-seq；SNP