石元豹 , 汪贵斌 ^* , 杨晓明 , 曹福亮

1 南京林业大学, 南方现代林业协同创新中心, 南京, 210037; 2 南京林业大学林学院, 南京, 210037
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 16 篇   
收稿日期: 2016年12月08日    接受日期: 2017年12月27日    发表日期: 2019年03月27日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

本研究以银杏基因组数据为基础，利用 HMMER 软件对银杏 WRKY 家族进行预测，用保守域分析软件进行确认，再以密码子分析的序列筛选原则对序列进行筛选，共计筛选出 34 条基因编码序列作为研究对象，对其密码子使用偏向性进行分析。结果显示，银杏 WRKY 家族基因密码子 GC 含量范围在 40.51%~52.07%，平均含量为 45.60%，GC3 平均含量为 41.75%，说明该家族偏向使用以 A 或 U 结尾的密码子；ENC值在 49.58~60.45 之间，说明其密码子偏向性较弱；相对同义密码子使用度分析显示 RSCU 值大于 1 的密码子有 23 个，其中以 A 和 U 为结尾 20 个；中性绘图分析和 ENC-plot 曲线分析显示银杏 RKY 家族基因GC3 与 GC12 相关性并不显著，并且大部分基因 ENC 值偏离了理论值。综合分析发现突变和选择压力等诸多因素共同决定着银杏 WRKY 家族基因的密码子偏向性。银杏 WRKY 家族基因的最优密码子的确定是结合了高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法，并最终确定出 UUA、UUG、CCU 等 7 个密码子为银杏WRKY 家族基因的最优密码子。研究结果为银杏 WRKY 家族基因的密码子优化及其转基因研究中载体的选择提供理论依据。

银杏； WRKY 转录因子；密码子偏向性；最优密码子