殷鑫¹ , 温强^2* , 王建文¹ , 李田² , 叶金山² , 徐立安¹

1 南京林业大学南方现代林业协同创新中心,南京, 210037; 2 江西省林业科学院省植物生物技术重点实验室,南昌, 330013
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《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16 卷, 第 30 篇   
收稿日期: 2017年11月21日    接受日期: 2017年12月23日    发表日期: 2019年01月17日

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以山茶属 9个组 9个物种的叶绿体基因组(chloroplast genome DNA, cpDNA)全序列为研究对象，统计分析其简单重复序列(chloroplast simple sequence repeat, cpSSR)或称微卫星分布特征。结果表明山茶属各物种cpSSR数量及组成相对一致，不同微卫星重复基序中以三核苷酸基序为主，平均约占 70%，随后是单核苷酸及二核苷酸基序。各物种单核苷酸和三核苷酸重复碱基类型较为一致，分别为A/T和AAG/TTC。比较叶绿体基因组的不同结构位置，各物种总的表现规律为小单拷贝区(small single copy, SSC) cpSSR 分布比例最高，而反向重复区(inverted repeat, IR)最低；同时比较叶绿体基因组的不同功能区域，山茶属各物种的 cpSSR主要分布于非编码区。cpSSR种间变异分析表明， cpSSR在山茶属内各组物种间差异较小，整体保持一个较高的一致性，说明山茶属是一个亲缘关系较近的属。对重复基序类型来说，单核苷酸重复基序cpSSR的变异率最高；在各结构域中， cpSSR在大单拷贝区(large single copy, LSC)的变异最大，变异比例占 63.46%；而对功能区域来说，非编码区分布的 cpSSR的变异率则高于编码区。研究同时建立了山茶属cpSSR分子标记体系，初步筛选出在种间具有较好多态性的cpSSR标记。本研究为今后山茶属多态性的cpSSR标记开发及应用提供重要的理论依据与物质基础。

山茶属；叶绿体基因组；叶绿体微卫星；标记开发