林国森^1,2 , 郑召¹ , 王丛丛^1,2* , 何春梅² , 孙庆锋^1,2 , 郑奕雄^1*

1 仲恺农业工程学院农业与生物学院, 广州市特色作物种质资源研究与利用重点实验室, 广州, 510225; 2 广东省林业科学研究院, 广东省森林培育与保护利用重点实验室, 广州, 510520
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20卷, 第 4 篇   
收稿日期: 2020年12月17日    接受日期: 2020年12月25日    发表日期: 2023年03月28日

这是一篇采用Creative Commons Attribution License进行授权的开放取阅论文。只要对本原作有恰当的引用，版权所有人允许和同意第三方无条件的使用与传播。

红葱(Eleutherine bulbosa)在化学成分和药理活性开发方面具有重要价值，但是分子生物学研究较少。本研究以红葱花期全株为研究对象，利用 PacBio SequelTM 测序平台进行红葱根、鳞茎、叶片以及花等组织部位混合样品的全长转录组测序。测序数据经过校正后，得到高质量 Isoforms 序列 182 873 条，利用 Nr、SwissProt、KOG 和 KEGG 四个数据库进行比对获得 106 318 条全长转录本，分别有 105 734 (Nr)、90 207 (Swissport)、77 965 (KOG)和 52 047 (KEGG)条转录本获得功能注释。其中 KEGG 数据库分析结果共获得了132 条代谢途径，主要有次生代谢产物合成、抗菌素合成、糖和淀粉代谢等。高级注释共获得 105 976 个CDS，共预测到 3 257 个转录因子。结构分析共鉴定到 39 666 个 SSRs，对没有注释到四大数据库的全长转录序列进行 lncRNA 分析，共预测到 6 394 个 lncRNA。本研究为红葱二代转录组测序数据拼接提供参考模板，为红葱全长基因克隆、基因功能分析和活性成分合成机制解析等提供理论基础。

红葱(Eleutherine bulbosa)；全长转录组；基因功能注释