云南农业大学甘蔗研究所, 昆明, 650201
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《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13 卷, 第 15 篇 doi: 10.13271/j.mpb.013.000355
收稿日期: 2014年07月03日 接受日期: 2014年08月18日 发表日期: 2014年09月18日
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《分子植物育种》印刷版, 2015 年, 第 13 卷, 第 15 篇 doi: 10.13271/j.mpb.013.000355
收稿日期: 2014年07月03日 接受日期: 2014年08月18日 发表日期: 2014年09月18日
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摘要
本研究基于RNA-Seq技术建立了一个由3个甘蔗原始亲本和8个不同来源的甘蔗栽培品种/系构成的甘蔗参考转录组,并进行生物信息学相关分析。研究结果表明:对供试材料+1叶RNA混合样本进行转录组测序,可组装出98 945条Contig,从中找到5 806个SSR位点,其中三核苷酸重复最多、六核苷酸重复最少,CCG/CGG出现的频率最高。进一步处理Contig获得75 656条Unigene,将所有的Unigene与Nr数据库、Swiss-Prot数据库、KEGG数据库和COG数据库进行Blast,有53 951条Unigene得到注释。在Nr和KEGG注释结果基础上,对Unigene进行GO和KEGG功能分类,分别获得44个功能小组和123个Pathway注释。研究结果可为研究甘蔗在不同时空条件下的差异基因表达奠定基础。
关键词
甘蔗;RNA-Seq;参考转录组;Unigene;SSR
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