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2002年11月8日, 《分子植物育种》由国家科技部批准,国家新闻出版署核准。
2003年正式创刊,是由海南省科学技术协会主管,海南省生物工程协会主办,公开发行的双月刊科学期刊。
2015年正式改为月刊,每月28日公开发行。
2018年正式改为半月刊,每月14日和28日公开发行。 2019年,方宣钧博士任本刊主编。